Die 1950 entworfene Badeseeanlage mit Erholungswiesen, Rodelberg und Baumgruppen zwischen dem Deichschart und Habenhausen entstand ab Mitte der fünfziger Jahre als gestalterische Aufwertung einer Flutrinne. Sie ist Teil des städtebaulichen Gesamtkonzeptes „Grüngürtel Weser“. Bei Baubeginn kam es zu erheblichen Konflikten mit Bewohnern der in der Flutrinne oder auf den erweiterten Sport- und Spielflächen zum Teil illegal entstandenen Parzellenhäuser.
Mit dem Aushubboden des Werdersees wurde zugleich die Grundlage für ein zweites gesamtstädtisches Projekt geschaffen: die Neuanlage eines Großfriedhofes auf der linken Weserseite. Der als „Hainfriedhof mit parkartigem Charakter“ angelegte neue Huckelrieder Friedhof am Südufer des Sees konnte mit dem Aushub um 6 Meter aufgehöht werden.
Beim Hochwasser 1981 brach das Wasser von der Weser zum Werdersee und weiter zur Weser durch. Danach blieb der See bis 1987 trocken. Beim Neuausbau wurde die Kleine Weser an den Werdersee angebunden.